De Stichting Willem Witsen is in 2003 opgericht op initiatief van Ester Wouthuysen. De stichting stelt zich ten doel de belangstelling voor en de studie naar de schilder, etser, fotograaf en vriend van vele ‘Tachtigers’ Willem Witsen (1860-1923) en zijn omgeving te bevorderen door zijn correspondentie en dagboekaantekeningen, verspreid over meer dan zestien openbare instellingen en particuliere archieven, op internet beschikbaar te stellen. Niet alleen in originele verschijningsvorm maar ook in transcriptie, zodat een breed publiek een beeld kan krijgen van de wisselwerking tussen schrijvers en beeldend kunstenaars van de Beweging van Tachtig, terwijl onderzoekers uit verschillende disciplines kunnen putten uit een schat aan cultuurhistorische informatie.

De stichting heeft een projectorganisatie opgezet en dankzij de financiële steun van culturele fondsen en particulieren kon het transcriptieproject in 2005 van start gaan. In de loop van het project heeft de stichting samenwerking gezocht met een aantal belangrijke openbare instellingen zoals de Koninklijke Bibliotheek, de Bibliotheek van de Universiteit van Amsterdam, het Rijksbureau voor Kunsthistorische Documentatie, het Huygens Instituut en de Digitale Bibliotheek voor de Nederlandse Letteren. Deze samenwerking tussen openbare instellingen en particulier initiatief maakte het mogelijk de internetpublicatie op het hoogste plan te brengen.
De transcripties zijn gemaakt door Erik Ariëns Kappers, Clara Brinkgreve, Diduïne van Delft, Irene de Groot, Mayken Jonkman, Mirjam Koelewijn, Han Meijer, Marianne Meijer, Marian Roos, Maureen Trappeniers, Odilia Vermeulen, Jessica Voeten, Ester Wouthuysen. De redactie was in handen van Leo Jansen (hoofdredacteur), Odilia Vermeulen (eindredacteur), Marian Roos, Irene de Groot en Ester Wouthuysen.

De Stichting Willem Witsen kon de correspondentie en dagboekaantekeningen van Willem Witsen transcriberen en redigeren dankzij financiële steun van: Accenture, Pictura Imagines Heiloo, de Kitty van Vloten Stichting, de Stichting VSBfonds, de M.A.O.C. Gravin van Bylandt Stichting, het Dr. Hendrik Muller's Vaderlandsch Fonds, de Stichting Pro Musis, de Stichting Prins Bernhard Cultuurfonds, de Stichting Doelwijk, de Commissie van Beheer van het Witsenfonds, de Stichting Dioraphte en enkele particulieren.

Het bestuur van de stichting bestaat thans uit Leo Jansen (voorzitter), Nicolette de Pater (secretaris), Henk Elffers (penningmeester), Gerda van Ham (fondsenwerving), Dolf Rueb en Norbert van den Berg (erelid en voormalig voorzitter).